员工吃回扣是一种严重的违规行为，不仅违反职业道德，还可能触犯法律。以下是处理员工吃回扣的建议措施：
内部调查与处理
查阅相关记录：公司应首先进行内部调查，通过查阅财务记录、客户反馈和内部监控系统来查明员工是否存在违规行为。
认定违规行为：一旦确认员工存在拿回扣行为，公司应根据内部规章制度进行处罚，包括警告、罚款、降职或调岗等。
要求退还非法所得：公司应要求员工退还所有非法所得，若员工拒绝退还，公司有权通过法律途径追究其责任。
法律追究
报警处理：如果员工拿回扣的金额较大，或者行为严重损害了公司的利益，公司可以选择报警，由司法机关介入调查。
追究刑事责任：根据《刑法》相关条款，员工利用职务便利收受回扣的行为可能构成非国家工作人员受贿罪或受贿罪，面临三年以下有期徒刑、拘役及罚金，严重者可能面临十年以上有期徒刑、无期徒刑及罚金。
行政处罚
罚款：根据《反不正当竞争法》，经营者以行贿手段销售或购买商品的，可能会被工商行政管理机关处以一万元以上二十万元以下的罚款，并没收违法所得。
没收违法所得：执法机关会对员工收受的回扣等违法所得予以没收，防止其从违法行为中获利。
其他措施
降职降薪：公司可以对涉事员工进行降职降薪处理，以体现对其违规行为的惩戒。
解除劳动合同：如果员工的行为构成严重违反用人单位的规章制度，公司可以依据《劳动合同法》解除劳动合同。
预防措施
建立健全内部制度：企业应建立健全的内部制度和管理措施，防范员工违规行为的发生，加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德素质。
收集证据：员工在发现违规行为时，应悄悄收集证据，如保存工作文件、邮件往来、聊天记录等，以便在需要时提供支持。
综上所述，处理员工吃回扣的问题需要综合运用内部调查、法律追究、行政处罚等多种手段，同时注重预防措施，以维护企业的合法权益和良好的商业环境。