合作医疗和医保的主要区别体现在以下几个方面：
概念和目的
合作医疗：是一种基于群众自愿互助和集体经济支持的福利性医疗保险，主要目的是在防病治病上实现互济互助。
医保：是根据法律法规设立的社会保险制度，旨在为劳动者报销基本医疗费用。
缴纳费用和缴费方式
合作医疗：费用相对较低，一年几百元，由参保人承担全部费用。
医保：费用较高，一年几千甚至上万，由职工和公司共同承担。
报销范围
合作医疗：报销范围主要包括参保人员在统筹期内因病在定点医院住院诊治所产生的各项费用，如药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等。
医保：报销范围更广泛，包括在医院看病、用药、住院、手术等产生的费用，还可以通过医保卡进行医药费用的报销。此外，医保的个人账户还可用于日常购药和门诊看病等。
投保对象
合作医疗：主要针对农村人口，且必须以家庭为单位整户参加。
医保：包括城市居民及企业职工（分为居民医保和职工医保两种）。
缴费标准
合作医疗：缴费标准有每年100元、200元、300元、400元、500元等档次，各个地方根据自身情况设置。
医保：职工医保费由用人单位和职工共同缴纳，具体费率根据职工工资和当地平均工资挂钩。
待遇
合作医疗：补助费用在不同级别的医疗机构不同，县内一级医院100元，二级医院200元，县外医院500元，补助比例也不同。
医保：职工可享受住院费用报销、统筹病种门诊费用报销以及用于支付门诊医疗费的个人账户待遇，报销比例较城镇居民医疗保险高一些。
就医管理要求
合作医疗：农民自愿参加，没有强制性，需每年办理参保缴费手续。
医保：用人单位具有强制性，必须为员工办理职工医保，且需缴纳一定年限才可以享受终身医保待遇。
总的来说，医保的报销额度要高于合作医疗保险，且覆盖范围更广，适用于更广泛的投保对象。而合作医疗则主要针对农村人口，缴费较低，报销范围相对较窄。建议根据自身情况和需求选择合适的医疗保险制度。